Quê hương của Genesect không còn nữa. Sau ba trăm triệu năm, những ngọn núi tuyết nơi Pokémon Paleozoi từng sinh sống không còn có thể sinh sống được nữa - nhưng không phải tất cả các chủng tộc đều thực sự tuyệt chủng. Một số mẫu vật vẫn còn sống và tuyệt vọng để tìm một nơi mới để gọi là nhà. Được dẫn dắt bởi một Shiny Genesect và đi cùng với Pokémon huyền thoại Mewtwo, những sinh vật lang thang đến Thành phố New Tork.
Nhận thấy đường chân trời của thành phố giống với môi trường sống ban đầu của chúng, Genesect tiếp quản trung tâm thành phố, đánh đuổi các Pokémon khác và đe dọa sự tồn tại của người dân địa phương. Trên hết, thủ lĩnh Genesect đối đầu với Mewtwo trong một cuộc đấu tay đôi xảo quyệt, nhịp độ nhanh có thể phá hủy toàn bộ thành phố — và Satoshi và những người bạn đồng hành của anh ấy phải cứu thành phố và hòa giải các Pokémon thù địch.
