Khi bộ phim mở đầu, Asuka bị hôn mê và Shinji bị bao phủ bởi sự ghê tởm bản thân hơn bao giờ hết. SEELE phát động một cuộc tấn công vào trụ sở NERV và Asuka bất tỉnh được chuyển đến Eva Unit Two trong khi Misoto tìm kiếm Shinji. Cha của Shinji dự định sử dụng Rei Ayanami để khởi xướng *Tác động thứ ba*.
